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深海科学与工程研究所
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2018

长江江豚全基因组序列研究

文章来源:撰稿/刘明明 图片来源/刘明明  |  发布时间:2018-10-29  |  【打印】 【关闭

  

  长江江豚不仅是全世界唯一一种生存于淡水环境的鼠海豚,也是长江流域唯一现存的水生哺乳动物(2007年白鱀豚功能性灭绝)。自上世纪九十年代以来,长江江豚的数量呈现出持续性的衰减趋势,2017年最新调查显示其野外种群数量已跌至一千头左右。考虑其严峻的受威胁程度,长江江豚已被提升为国家一级保护动物。深海所海洋哺乳动物研究团队对长江江豚进行了全基因组测序,组装了2.22 Gb的基因组草图,其contig N50scaffold N50值分别为46.69 kb 1.71 Mb,并进一步鉴定了887.63 Mb的重复序列和预测了18479个蛋白质编码基因。系统发育树显示:同域分布的长江江豚和白鱀豚大约于2084万年前分化。通过与其他10种哺乳动物的基因组进行比较,我们在长江江豚全基因组中检测到44种特异性基因家族,164种扩增基因家族和313种正选择基因。本研究所使用的基础序列和组装序列均可在国家生物技术信息中心查询(BioProject?PRJNA433603)。 

  Yuan, Y., Zhang, P. (张培君), Wang, K., Liu, M. (刘明中), Li, J., Zheng, J., Wang, D. Xu, W. Lin, M. (林明利), Dong, L. (董黎君), Zhu, C., Qiu, Q.* & Li, S.* (李松海) (2018). Genome sequence of the freshwater Yangtze finless porpoise. Genes, 9(4), 213. 

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